Bereits früh siedelten die Twa als ältestes noch heute lebendes Volk in Uganda an. Jedoch wurden sie vertrieben durch andere Völker, vor allem der Bantu, welche selbst wieder rum von den Niloten aus dem Norden Richtung Süden verdrängt wurden. Dies führte zu heftigen Konflikten die bis heute anhalten. Doch die Bantu entwickelten sich im Laufe der Jahre stark weiter, infolgedessen wurden im 15. Jahrhundert Königreiche wie Buganda gegründet, die kleineren Niloten hingegen blieben ein Nomadenvolk.
Im 19. Jahrhundert kamen immer mehr arabische Händler in die Region, welche sich den Handel mit Elfenbein und Sklaven versprachen. Um das Jahr 1860 entdeckten die ersten Europäer aus Großbritannien das Land, woraufhin viele katholische und protestantische Missionare zuzogen und tausende ihre Glaubensrichtung änderten. 1894 wurde das Land ein britisches Protektorat, der Kaffee und Baumwohlanbau sowie der Bau von Eisenbahnstrecken wurde vorangetrieben.
Der Dekolonisierungsprozess begann in den 1950er Jahren, 1958 gab es erstmals Parlamentwahlen. Am 9. Oktober 1962 wurde Uganda unabhängig und König Mutesa (II.) Präsident. 1966 wurde er jedoch von Premierminister Milton Obote von seinem Posten verdrängt, ein Einparteisystem wurde eingeführt und radikale Sozialisierungsmaßnahmen eingeleitet. Diese Situation wurde schnell ausgenutzt, sodass unter dem ehemaligen Kommandeur Idi Amin von 1971 bis 1979 erst ein Militärputsch und schließlich eine Diktatur entstand.
In den Folgejahren kommt es immer wieder zu Kriegen u.a. mit Tansania, auch zu Machtwechseln, politischen Verfolgungen und Terror. Yoweri Kaguta Museveni erobert 1986 mit seiner National Resistance Army (NRA) erfolgreich die Hauptstadt Kampala und wird zum neuen Präsidenten erklärt. Die ersten Parlamentswahlen fanden 1989 statt und im Mai 1996 erstmals Präsidentschaftswahlen, welche Museveni mit einer Mehrheit von 75 % gewann. 2011 wurde erneut über das Amt des Präsidenten abgestimmt und Amtsinhaber Musevi wurde erneut gewählt.